-
PROGRES Q47 Fyzika
Grantová agentura: PROGRES
Identifikační číslo grantu: PROGRES Q47 Fyzika
Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
Annotace grantu
.
-
Studentský výzkum v oboru biofyzika a chemická fyzika
Grantová agentura: SVV
Identifikační číslo grantu: SVV260443
Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
Annotace grantu
.
-
Vybavení laboratoří pro experimentální složku výuky fyziky
Grantová agentura: MŠMT
Identifikační číslo grantu: CZ.02.2.67/0.0/0.0/1
Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
Annotace grantu
.
-
PRVOUK P45 Fyzika
Grantová agentura: PRVOUK
Identifikační číslo grantu: PRVOUK P45 Fyzika
Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
Annotace grantu
.
-
Modernizace vybavení pro fyzikální výzkum a výuku
Grantová agentura: MŠMT
Identifikační číslo grantu: ED4.1.00/16.0340
Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
Annotace grantu
Celkovým cílem projektu je zlepšení studijních podmínek pro studenty fyzikálních oborů, poskytnutí nejmodernějších přístrojů pro zpracování výzkumných úkolů v rámci studentských a vědeckovýzkumných prací a s tím související dlouhodobý růst potenciálu protransfer technologií do podniků v celé ČR. Projekt je zaměřen na investice do přístrojového vybavení pro řešení studentských závěrečných prací v rámci bakalářského, magisterského a zejména doktorského programu Fyzika. Zajištění potřebného přístrojovéhovybavení potom umožní přejít od pouze teoretického popisu k možnosti zapojit aktivně studenty do experimentální práce v oboru. Jen tudy vede cesta ke zvyšování konkurenceschopnosti vysokých škol a jejích absolventů jak v národním tak mezinárodním měřítku.
-
Rozšíření metod vibrační optické aktivity pro oblast biomolekul
Grantová agentura: GAČR
Identifikační číslo grantu: P208/11/0105
Hlavní řešitel: RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.,
Prof. Marie Urbanová, CSc. (VŠCHT, Fakulta chemicko-inženýrská)
Annotace grantu
Chiralita a optická aktivita je vlastní nejvýznamnějším molekulám v
živých organismech, a lze ji
výhodně využít v optických a infračervených spektroskopických
technikách, využívajících polarizované
světlo, ke studiu geometrie, dynamiky, a interakcí. Vibrační optická
aktivita poskytuje detailní dobře
rozlišenou strukturní informaci. Aplikace těchto technik pro biomolekuly
je obtížná vzhledem k jejich
velikosti a složitým interakcím. Proto navrhujeme adaptovat tyto
experimenty (zavedením měření při
různých teplotách, rozšířením spekter do oblasti vysoce energetických
vibrací, vícedimensionální
analýzou dat) a interpretační metody (modely rozpouštědel adaptované pro
spektroskopii, anharmonické korekce, mnoha-úrovňové simulace), a tak
překonat hlavní problémy. Metody budou aplikovány na syntetické
peptidové segmenty prionového proteinu, agregáty nanotrubek a DNA, RNA a
DNA polymery, a komplexy s kovy. Výzkum je založen na spolupráci mezi
dvěma univerzitními a
akademickým pracovištěm. Projektu se účastní deset vědeckých pracovníků
a sedm diplomantů a
doktorandů.
-
Použití Ramanovy optické aktivity pro studium dynamického chování peptidů
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 126310
Hlavní řešitel: Jana Hudecová (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.,
RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.),
RNDr. Václav Profant,
Mgr. Ivan Ivani ()
Annotace grantu
Projekt je zaměřen na rozšíření moderní spektroskopické metody
využívající optickou aktivitu Ramanova rozptylu tak, aby bylo možné
získat nové informace o struktuře i dynamice studovaných systémů.
Geometrii a konformační chování molekul lze odvodit z experimentálních
spekter pomocí
pokročilých simulačních technik vyvíjených ve spolupráci MFF UK a ÚOCHB
AV ČR. V práci využijeme kombinované kvantové a klasické interpretační
metody vhodné pro flexibilní peptidové struktury. Simulace takových
systémů jsou obtížné, ale důležité pro aplikaci Ramanovy techniky v
biochemii. Chceme se soustředit zejména na spektra modelových peptidů s
omezenou konformační flexibilitou a v další fázi systematicky prozkoumat
chování prionových fragmentů, studovaných v souvislosti s
neurodegenerativními chorobami, které budou k dispozici díky spolupráci
se syntetickou laboratoří na ÚOCHB AV ČR.
-
Interakce disulfidových skupin v molekulách proteinů a peptidů - komplementární užití elektronové a vibrační optické aktivity
Grantová agentura: GAČR
Identifikační číslo grantu: P205/10/1276
Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
Spoluřešitelé:
Ing. Petr Maloň, CSc.
Annotace grantu
Budeme studovat vliv vzájemných interakcí disulfidových skupin v
molekulách peptidů a proteinů. Ověříme platnost již dříve námi
nalezených vztahů mezi geometrií disulfidové skupiny a chiroptickými
vlastnostmi (elektronovým cirkulárním dichroismem - ECD a optickou
aktivitou v Ramanových spektrech - ROA) v situacích, kdy je v molekule
přítomna více nežli jedna taková skupina. Vyhodnotíme možnost detekce a
konformační analýzy disulfidových skupin v přítomnosti skupin amidových.
Prostudujeme velikost vzájemných interakcí v elektronových spektrech
(počet dichroických pásů a jejich štěpení) a možnosti a limitace
separátního pozorování jednotlivých disulfidových skupin pomocí pásů C-S
a S-S valenčních vibrací v Ramanových a zejména ROA spektrech.
-
Spektroskopické a teoretické metody pro studium nekovalentních molekulových interakcí
Grantová agentura: GAAV
Identifikační číslo grantu: A400550702
Hlavní řešitel: RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.,
Prof. Marie Urbanová, CSc. (VŠCHT, Fakulta chemicko-inženýrská)
Annotace grantu
Budou vyvinuty experimentální a teoretické postupy pro molekulární
modelování a interpretaci spekter, které umožní lépe porozumět chování
molekul ve vybraných oblastech organické chemie a molekulární biologie.
Výpočetní metody budou založeny na kombinaci klasických a kvantových
metod. Aplikace zahrnují určení vztahu mezi flexibilitou a reaktivitou
nových cukerných derivátů, strukturní studie nanomolekulárních komplexů
peptidu a porfyrinu s potenciálním využitím v lékařství, peptidu
prionového typu a komplexy nukleových kyselin s anti-rakovinnými léčivy.
Projekt využívá výhody mnoha technik a kombinuje zkušenosti pracovníků
Vysoké školy chemicko–technologické, Karlovy Univerzity a Ústavu
organické chemie a biochemie. Předpokládá se i spolupráce s První
lékařskou fakultou v Praze a zahraničními laboratořemi. Do projektu bude
zapojeno 11 studentů.