Ukončené granty:

  • PROGRES Q47 Fyzika

    Grantová agentura: PROGRES
    Identifikační číslo grantu: PROGRES Q47 Fyzika
    Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

    Annotace grantu
    .

  • Studentský výzkum v oboru biofyzika a chemická fyzika

    Grantová agentura: SVV
    Identifikační číslo grantu: SVV260443
    Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

    Annotace grantu
    .

  • Vybavení laboratoří pro experimentální složku výuky fyziky

    Grantová agentura: MŠMT
    Identifikační číslo grantu: CZ.02.2.67/0.0/0.0/1
    Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

    Annotace grantu
    .

  • PRVOUK P45 Fyzika

    Grantová agentura: PRVOUK
    Identifikační číslo grantu: PRVOUK P45 Fyzika
    Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

    Annotace grantu
    .

  • Modernizace vybavení pro fyzikální výzkum a výuku

    Grantová agentura: MŠMT
    Identifikační číslo grantu: ED4.1.00/16.0340
    Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

    Annotace grantu
    Celkovým cílem projektu je zlepšení studijních podmínek pro studenty fyzikálních oborů, poskytnutí nejmodernějších přístrojů pro zpracování výzkumných úkolů v rámci studentských a vědeckovýzkumných prací a s tím související dlouhodobý růst potenciálu protransfer technologií do podniků v celé ČR. Projekt je zaměřen na investice do přístrojového vybavení pro řešení studentských závěrečných prací v rámci bakalářského, magisterského a zejména doktorského programu Fyzika. Zajištění potřebného přístrojovéhovybavení potom umožní přejít od pouze teoretického popisu k možnosti zapojit aktivně studenty do experimentální práce v oboru. Jen tudy vede cesta ke zvyšování konkurenceschopnosti vysokých škol a jejích absolventů jak v národním tak mezinárodním měřítku.

  • Rozšíření metod vibrační optické aktivity pro oblast biomolekul

    Grantová agentura: GAČR
    Identifikační číslo grantu: P208/11/0105
    Hlavní řešitel: RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc., Prof. Marie Urbanová, CSc. (VŠCHT, Fakulta chemicko-inženýrská)

    Annotace grantu
    Chiralita a optická aktivita je vlastní nejvýznamnějším molekulám v živých organismech, a lze ji výhodně využít v optických a infračervených spektroskopických technikách, využívajících polarizované světlo, ke studiu geometrie, dynamiky, a interakcí. Vibrační optická aktivita poskytuje detailní dobře rozlišenou strukturní informaci. Aplikace těchto technik pro biomolekuly je obtížná vzhledem k jejich velikosti a složitým interakcím. Proto navrhujeme adaptovat tyto experimenty (zavedením měření při různých teplotách, rozšířením spekter do oblasti vysoce energetických vibrací, vícedimensionální analýzou dat) a interpretační metody (modely rozpouštědel adaptované pro spektroskopii, anharmonické korekce, mnoha-úrovňové simulace), a tak překonat hlavní problémy. Metody budou aplikovány na syntetické peptidové segmenty prionového proteinu, agregáty nanotrubek a DNA, RNA a DNA polymery, a komplexy s kovy. Výzkum je založen na spolupráci mezi dvěma univerzitními a akademickým pracovištěm. Projektu se účastní deset vědeckých pracovníků a sedm diplomantů a doktorandů.

  • Použití Ramanovy optické aktivity pro studium dynamického chování peptidů

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 126310
    Hlavní řešitel: Jana Hudecová (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc., RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.), RNDr. Václav Profant, Mgr. Ivan Ivani ()

    Annotace grantu
    Projekt je zaměřen na rozšíření moderní spektroskopické metody využívající optickou aktivitu Ramanova rozptylu tak, aby bylo možné získat nové informace o struktuře i dynamice studovaných systémů. Geometrii a konformační chování molekul lze odvodit z experimentálních spekter pomocí pokročilých simulačních technik vyvíjených ve spolupráci MFF UK a ÚOCHB AV ČR. V práci využijeme kombinované kvantové a klasické interpretační metody vhodné pro flexibilní peptidové struktury. Simulace takových systémů jsou obtížné, ale důležité pro aplikaci Ramanovy techniky v biochemii. Chceme se soustředit zejména na spektra modelových peptidů s omezenou konformační flexibilitou a v další fázi systematicky prozkoumat chování prionových fragmentů, studovaných v souvislosti s neurodegenerativními chorobami, které budou k dispozici díky spolupráci se syntetickou laboratoří na ÚOCHB AV ČR.

  • Interakce disulfidových skupin v molekulách proteinů a peptidů - komplementární užití elektronové a vibrační optické aktivity

    Grantová agentura: GAČR
    Identifikační číslo grantu: P205/10/1276
    Hlavní řešitel: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.
    Spoluřešitelé: Ing. Petr Maloň, CSc.

    Annotace grantu
    Budeme studovat vliv vzájemných interakcí disulfidových skupin v molekulách peptidů a proteinů. Ověříme platnost již dříve námi nalezených vztahů mezi geometrií disulfidové skupiny a chiroptickými vlastnostmi (elektronovým cirkulárním dichroismem - ECD a optickou aktivitou v Ramanových spektrech - ROA) v situacích, kdy je v molekule přítomna více nežli jedna taková skupina. Vyhodnotíme možnost detekce a konformační analýzy disulfidových skupin v přítomnosti skupin amidových. Prostudujeme velikost vzájemných interakcí v elektronových spektrech (počet dichroických pásů a jejich štěpení) a možnosti a limitace separátního pozorování jednotlivých disulfidových skupin pomocí pásů C-S a S-S valenčních vibrací v Ramanových a zejména ROA spektrech.

  • Spektroskopické a teoretické metody pro studium nekovalentních molekulových interakcí

    Grantová agentura: GAAV
    Identifikační číslo grantu: A400550702
    Hlavní řešitel: RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc., Prof. Marie Urbanová, CSc. (VŠCHT, Fakulta chemicko-inženýrská)

    Annotace grantu
    Budou vyvinuty experimentální a teoretické postupy pro molekulární modelování a interpretaci spekter, které umožní lépe porozumět chování molekul ve vybraných oblastech organické chemie a molekulární biologie. Výpočetní metody budou založeny na kombinaci klasických a kvantových metod. Aplikace zahrnují určení vztahu mezi flexibilitou a reaktivitou nových cukerných derivátů, strukturní studie nanomolekulárních komplexů peptidu a porfyrinu s potenciálním využitím v lékařství, peptidu prionového typu a komplexy nukleových kyselin s anti-rakovinnými léčivy. Projekt využívá výhody mnoha technik a kombinuje zkušenosti pracovníků Vysoké školy chemicko–technologické, Karlovy Univerzity a Ústavu organické chemie a biochemie. Předpokládá se i spolupráce s První lékařskou fakultou v Praze a zahraničními laboratořemi. Do projektu bude zapojeno 11 studentů.