Publikace v časopisech

1.

Pazderková M., Maloň P., Zíma V., Hofbauerová K., Kopecký Jr. V., Kočišová E., Pazderka T., Čeřovský V., Bednárová L.: Interaction of Halictine-Related Antimicrobial Peptides with Membrane Models. International Journal of Molecular Sciences, 2019, vol. 20, p. 631.

2.

Zímová L., Sinica V., Kadková A., Vyklická L., Zíma V., Barvík Jr. I., Vlachová V.: Intracellular cavity of sensor domain controls allosteric gating of TRPA1 channel. Science Signaling, 2018, vol. 11, p. 8621 (13.

3.

Maršáková L., Barvík Jr. I., Zíma V., Zímová L., Vlachová V.: The first extracellular linker is important for several aspects of the gating mechanism of human TRPA1 channel. Frontiers in Molecular Neuroscience, 2017.

4.

Zíma V., Witschas K., Hynková A., Zímová L., Barvík Jr. I., Vlachová V.: Structural modeling and patch-clamp analysis of pain-related mutation TRPA1-N855S reveal inter-subunit salt bridges stabilizing the channel open state. Neuropharmacology, 2015, vol. 93, p. 294-307.

5.

Profantová (roz. Řezáčová) B., Profant V., Zíma V., Kopecký Jr. V., Bednárová L., Zentz C., Baumruk V., Turpin P.Y., Štěpánek J.: Protonation effect of tyrosine in a segment of the SRF transcription factor: A combined optical spectroscopy, molecular dynamics, and density functional theory calculation study. Journal of Physical Chemistry B, 2013, vol. 117, p. 16086-16095.

6.

Surá L., Zíma V., Maršáková L., Hynková A., Barvík Jr. I., Vlachová V.: C-terminal acidic cluster is involved in Ca2+-induced regulation of human transient receptor potential ankyrin 1 channel. Journal of Biological Chemistry, 2012, vol. 287, p. 18067-18077.

7.

Surá L., Zíma V., Touška F., Vlachová V.: Ankyrinový receptor - iontový kanál aktivovaný psychoaktivními látkami: souvislost s mechanismy nocicepce. Psychiatrie, 2010.

8.

Surá L., Zíma V., Vlachová V.: Ankyrinový receptor - iontový kanál v nocicepčních drahách. Bolest, 2010, vol. 13, p. 109-114.

Konferenční příspěvky

1.

Vyklická L., Barvík Jr. I., Zíma V., Zímová L., Vlachová V.: In-silico opening of TRPA1 channel points to first extracellular linker as an open-state stabilizer. EBSA Edinburgh 2017, 2017.

2.

Zíma V., Barvík Jr. I.: Mechanism for PIP2 activation of TRP channels. 9. International Conference on Structural Biology, Curych, Švýcarsko, 18-20. 9. 2017, 2017 (Poster - Barvík Jr. I.).

3.

Vlachová V., Zímová L., Sinica V., Vyklická L., Kadková A., Zíma V., Barvík Jr. I.: Polymodal regulation of TRPA1 by calcium. European Symposium on Hormones and Cell Regulation, Mont Ste Odile, France, 04-07.10.2017, 2017 (Zvaná přednáška - Vlachová V.).

4.

Synytsya V., Zímová L., Kadková A., Vyklická L., Zíma V., Barvík Jr. I., Vlachová V.: The sensor domain of TRPA1 channel regulates gating through a putative phosphoinositide-binding site. EBSA Edinburg 2017, 2017 (Poster - Synytsya V.).

5.

Zímová L., Synytsya V., Witschas K., Hynková A., Zíma V., Barvík Jr. I., Vlachová V.: The S4-S5 linker of Transient Receptor Potential Ankyrin 1 as a Precise Stimuli Integrator. 10th European Biophysics Congress, Dreden, Germany, July 18-22, 2015 (Poster - Zímová L.).

6.

Hynková A., Zíma V., Witschas K., Surá L., Barvík Jr. I., Vlachová V.: Inter­subunit salt bridges between adjacent S4­-S5 linkers of TRPA1 channel stabilize the channel open state. Ion Channels 2014, Mount Holyoke, USA, July 6-11, 2014 (Poster - Hynková A.).

7.

Hynková A., Witschas K., Zíma V., Surá L., Barvík Jr. I., Vlachová V.: Identification of functional microdomains within the S4­-S5 linker of human TRPA1 channel. Neuroscience 2013, San Diego, USA, November 9-13, 2013 (Poster - Hynková A.).

8.

Zíma V., Surá L., Witschas K., Maršáková L., Hynková A., Barvík Jr. I., Vlachová V.: On the track of TRPA1 gating mechanisms. ISMB/ECCB 2013, Berlin, Germany, July 21-23, 2013 (Poster - Zíma V.).

9.

Witschas K., Surá L., Zíma V., Hynková A., Barvík Jr. I., Vlachová V.: S4-S5 linker is involved in voltage-dependent gating of human transient receptor potential ankyrin 1 channel. Biophysical Society 2013 Annual Meeting, Philadelphia, USA, February 2-6, 2013.

10.

Zíma V., Barvík Jr. I.: Molecular dynamics simulations shed light on the TRPA1 structure. 11th European Conference on Computational Biology, Basel, Switzerland, September 9-12, 2012 (Poster - Zíma V.).

11.

Profantová (roz. Řezáčová) B., Profant V., Zíma V., Zentz C., Kruglik S.G., Bednárová L., Turpin P.Y., Štěpánek J.: Raman spectroscopy of a MADS box segment: experiments and calculations. 23rd International Conference on Raman Spectroscopy, Bangalore, India, August 12 – 17, 2012 (Poster - Profantová (roz. Řezáčová) B.).

12.

Profant V., Zíma V., Johannessen C., Sattelle B., Blanch E.W., Bouř P., Baumruk V.: ROA Study of Chondroitin Sulphate and its Building Blocks. International Conference on Vibrational Optical Activity-VOA3, Pisa, Italy, September 23 – 27, 2012 (Přednáška - Profant V.).

13.

Zíma V., Surá L., Barvík Jr. I., Vlachová V.: Clues to understanding the voltage regulation of TRPA1. 8th EBSA European Biophysics Congress, Budapest, Hungary, August 23-27, 2011, p. S174 (Poster - Zíma V.).

14.

Zíma V., Barvík Jr. I.: The homology modeling and molecular dynamics simulations of the ion channels from TRP family. XV School of pure and applied biophysics, Venice, Italy, January 24-28, 2011 (Poster - Zíma V.).

15.

Zíma V., Barvík Jr. I.: The homology modeling and molecular dynamics simulations of the ion channels from TRP family. 8th Annual Ion Channel Retreat, Vancouver BC, Canada, June 28-30, 2010 (Poster - Zíma V.).