Strukturní polymorfizmus kvadruplexů nukleových kyselin

Author: Mgr. Kateřina Mudroňová
Supervisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.
Consultants:
Type: Doctoral

Annotation: Guaninové kvadruplexy jsou nekanonické čtyřzávitnicové struktury, které vznikají za určitých podmínek v původně jednovláknových oblastech telomerové DNA bohatých na guanin. Vyznačují se vysokým polymorfizmem v závislosti na počtu a orientaci vláken, bázové sekvenci, koncentraci a typu přítomných kationtů, koncentraci DNA, teplotě, pH a termální historii. Guaninové kvadruplexy jsou široce studovány zejména s ohledem na jejich biologické funkce a využití v nanotechnologiích. Převažujícími metodami jsou gelová elektroforéza, RTG difrakce, absorpční, CD a NMR spektroskopie. Studie využívající Ramanovou spektroskopii jsou málo četné, přestože tato metoda má velký informační potenciál a je vhodná pro studium přechodů indukovaných vysokou koncentrací DNA, kdy může sloužit jako spojovací článek mezi metodami omezenými na nízké koncentrace (absorpční a CD spektroskopie) a RTG strukturními analýzami krystalů. Předmětem disertační práce proto bude studium vzniku, struktury, konformačních přechodů a termální stability guaninových kvadruplexů pomocí Ramanovy spektroskopie.