Geometry and stability study of nucleic acids distinctive single-strand motifs
Autor: Mgr. Martina ŘíhováVedoucí práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Konzultanti:
Typ: Magisterská
Abstrakt: Předmětem této diplomové práce je studium regulačního úseku DNA, tzv. SRE (Serum Response Element), který vykazuje velmi specifické strukturní vlastnosti. Z předchozích výsledků vyplývá, že tento segment je schopen tvořit vlásenky a jeho strukturní flexibilita hraje pravděpodobně klíčovou roli v jeho fyziologické aktivitě. Pro studium jeho stability byla provedena přesná teplotně závislá měření 16-merních SRE segmentů pomocí Ramanovy spektroskopie. Jelikož strukturní stabilita úzce souvisí se stacking interakcí, pro její studium byla využita teplotně závislá měření Ramanových a UV absorpčních spekter na dinukleotidech. Měření byla zpracována pomocí SVD faktorové analýzy a z jejich výsledků vyplynulo, že stacking interakce závisí na pořadí bází. Pomocí fitu rovnic termodynamických rovnovah byly určeny termodynamické charakteristiky teplotně indukovaných strukturních změn SRE komplexů tvořící smyčky a s jejich pomocí spočítána diferenční spektra charakterizující otevřené a uzavřené vlásenky, která umožnila bližší specifikaci geometrie těchto komplexů.
Klíčová slova: DNA vlásenka, Ramanova spektroskopie, SRE, stabilita komplexů, dinukleotidy