Strukturní flexibilita regulačního segmentu DNA
Autor: Mgr. Barbora Profantová (roz. Řezáčová), Ph.D.Vedoucí práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Konzultanti:
Typ: Magisterská
Abstrakt: Transkripci genetického kódu řídí celá řada enzymů. Některé z nich, tzv. transkripční faktory, se váží na určité úseky DNA, které zřejmě mají díky speciální a velmi konzervativní sekvenci bází výrazně odlišné vlastnosti. Jedním z těchto úseků je SRE (Serum Response Element). Diplomová práce navazuje na výsledky předchozího výzkumu, ze kterých vyplývá, že klíčovou roli ve fyziologické aktivitě tohoto segmentu hraje jeho strukturní flexibilita, spojená s bázovou sekvencí CArG boxu. Předložená práce se zabývá studiem tohoto úseku DNA a jeho modelových sekvenčních variant. Byla použitá metodika přesných měření tepelných závislostí UV absorpčních spekter a následné analýzy metodami faktorové analýzy a konstrukce diferenčních spekter, která byla z velké části vyvinutá rovněž v rámci této diplomové práce. Z výsledků vyplynulo, že oddělené řetězce různě dlouhých segmentů SRE tvoří překvapivě stabilní vlásenky, které v některých případech i ve směsích obou vláken segmentu SRE převažují nad duplexy. Fitem na rovnice termodynamických rovnovah byly získány termodynamické charakteristiky teplotně indukovaných přechodů tvorby a rozpadu komplexů a to jak intermolekulárních (duplexy), tak intramolekulárních (vlásenky).
Klíčová slova: DNA, UV absorpce, SVD, SRE, CArG box