Studium interakcí biomolekul metodou resonance povrchových plasmonů
Autor: Mgr. Hana Šípová, Ph.D.Vedoucí práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Konzultanti:
Typ: Magisterská
Abstrakt: V rámci diplomové práce byly studovány biomolekulární interakce významné z hlediska potenciálního testování oligonukloeotidů pro antisensní terapii. K tomuto účelu byla použita metoda rezonance povrchových plasmonů (SPR), která umožňuje studium těchto interakcí v reálném čase. Byl sledován vliv koncentrace kationtů na hybridizační vlastnosti plně komplementárních i neúplně komplementárních sekvencí přirozených nukleových kyselin a o sledování aktivity RNasy H. Z výsledků práce vyplývá, že sodné a hořečnaté ionty podporují hybridizaci pomocí odlišných interakčních schémat. Hořečnaté ionty jsou v porovnání se sodnými ionty v podporování hybridizace mnohem efektivnější. Společný vliv obou iontů je ovlivněn jejich vzájemnou kompeticí. Diplomová práce poskytuje experimentální data pro budoucí vytvoření termodynamického a statistického modelu rozdílného působení sodných a hořečnatých iontů na hybridizaci nukleových kyselin. Dále bylo zjištěno, že fyzikálně–chemické podmínky na povrchu senzoru se významně liší od situace ve volném roztoku, což je způsobeno zvýšenou objemovou koncentrací oligonukleotidů v tenké vrstvě na povrchu senzoru. V rámci diplomové práce byla rovněž vyvinuta bezznačková metoda pro studium interakcí potenciálních antisensních oligonukleotidů s RNasou H v reálném čase, která umožňuje i studium kinetik hydrolýzy RNasy H. Diplomová práce probíhala v rámci spolupráce mezi Oddělením fyziky biomolekul Fyzikálního ústavu Univerzity Karlovy a Oddělení optických senzorů v Ústavu fotoniky a elektroniky Akademie věd České Republiky.
Klíčová slova: None