Spektroskopické studium klíčových biomolekulárních interakcí pro terapeutické aplikace modifikovaných oligonukleotidů
Autor: RNDr. Martin Kříž, Ph.D.Vedoucí práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Konzultanti:
Typ: Dizertační
Abstrakt: Disertační práce je zaměřena na studium biomolekulárních interakcí, které mají zásadní význam pro terapeutické použití modifikovaných oligonukleotidů. Byly studovány jednak interakce nukleových kyselin, konkrétně hybridní DNA:RNA duplexy s plně komplementárními sekvencemi, ale i DNA:RNA duplexy s centrálním mismatchem. Byl vytvořen molekulární model, pomocí kterého byl studován vliv pěti různých chemických modifikací v DNA vlákně na jeho vazební schopnosti. Strukturní změny byly charakterizovány pomocí Ramanovy spektroskopie za použití přesných diferenčních i dvojitých diferenčních spekter. Tyto údaje byly doplněny o termodynamické parametry získané z křivek tání pomocí UV absorpční spektroskopie. Dále byly pomocí Ramanovy spektroskopie studovány změny v konformaci proteinu Ribonukleázy L, ke kterým dochází po navázání ligandu, kterým je v tomto případě buď přirozený nebo modifikovaný krátký oligonukleotid. Měření s Ribonukleázou L byla prováděna za pomocí speciální experimentální techniky – DCDR spektroskopie.
Klíčová slova: Biomolekulární interakce, proteiny, nukleové kyseliny, Ramanova spektroskopie, antisense