Viroid ribozyme dynamics (studium ukončeno bez obhajoby)

Anotace: Náplní projektu je charakterizace viroidových částic za různých podmínek s ohledem na jejich biologické funkce. Doktorské studium by mělo probíhat v rámci společně vedené doktorantury, na jejímž vedení by se měla spolupodílet prof. Marie-Christine Maurel z University Paris VI., kde bude probíhat biologická příprava a charakterizace viroidu. Díky společnému programu s prof. Guiseppe Zaccai v Grenoblu, z laboratoře neutronového rozptylu v Ústavu Laue Langevina (ILL) jsou vytvořené podmínky pro experimentální neutronová studia. Neutronový rozptyl bude měřen na koncentrovaných roztocích RNA jako funkce teploty. Střední posuny a efektivní silové konstanty budou určované z teplotních závislostí rozptylových dat a pomocí nich bude charakterizovaná dynamika vnitřních makromolekulárních pohybů v pikosekundové a nanosekundové časové škále. Charakterizace viroidu a jeho segmentů bude doplněna měřením teplotně závislých UV absorpčních a Ramanových spekter, diferenciální skenovací mikrokalorimetrie, gelové elektroforézy a elastického optického rozptylu, a prováděním molekulárně dynamických simulací s využitím vybavením pražské laboratoře.