Ukončené granty:

  • Studium polymorfismu kvadruplexů nukleových kyselin

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 388615
    Hlavní řešitel: Mgr. Kateřina Mudroňová
    Spoluřešitelé: RNDr. Jakub Klener, Ph.D., Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc., Václav Římal ()

    Annotace grantu
    Náplní projektu je studium struktury, topologie a konformačních přechodů guaninových kvadruplexů, biologicky významných čtyřvláknových struktur DNA, a to pomocí Ramanovy spektroskopie. Zabýváme se zejména konformačním polymorfizmem telomerních sekvencí různých organizmů podmíněného vysokými koncentracemi DNA, kde Ramanova spektroskopie představuje zvlášť užitečnou a přínosnou, i když zatím poměrně málo využívanou experimentální metodu. Bude studován vliv různých fyzikálně-chemických faktorů na vznik, strukturu a termální stabilitu guaninových kvadruplexů, a to systematicky od úrovně guaninových tetrád tvořených mononukleotidy. Dalším zdrojem informací budou absorpční a CD spektra a metody gelové elektroforeze. V rámci projektu bude provedena modernizace Ramanova spektrometru umožňující automatizaci časově náročných měření.

  • UV rezonanční Ramanův rozptyl nukleových kyselin

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 691412
    Hlavní řešitel: RNDr. Jakub Klener, Ph.D.
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

    Annotace grantu
    Projekt je zaměřen na problematiku určování sekundárního a terciálního strukturního uspořádání nukleových kyselin (NA) a jejich interakcí. S ohledem na požadavek měřit v přirozeném vodném prostředí, je pro tento účel velmi vhodná Ramanova spektroskopie, umožňující získávání základních informací o struktuře, strukturních změnách NA a jejich komplexaci s dalšími molekulami. Nevýhodou standardní Ramanovy spektroskopie používající excitační záření z viditelné oblasti spektra je nutnost poměrně vysoké koncentrace NA a problémy s častou kontaminací vzorků cizorodými nízkomolekulárními látkami. Tyto problémy principiálně překonává rezonanční Ramanův rozptyl (RRS), který používá excitační záření v oblasti dlouhovlnného absorpčního pásu nukleových kyselin. S ohledem na podstatně vyšší náročnost na technické zařízení, justaci spektrometru i použití postupů zamezujících vzniku artefaktů způsobených fotopoškozením NA, je však tato technika používána pro studium NA zatím poměrně vzácně. Náplní projektu bude vedle stavby UV rezonančního Ramanova spektrometru a vývoje vhodné techniky pro práci s UV fotocitlivým vzorkem především systematické proměření sad modelových struktur nukleových kyselin a porovnání se standardními vibračními a elektronovými spektry těchto látek, aby bylo možné nalézt a interpretovat konformační a interakční RRS markery. Tyto poznatky budou aplikované při navazujícím studiu vybraných strukturních motivů nukleových kyselin, které se významně uplatňují při přenosu a expresi genetické informace.