UV rezonanční Ramanův rozptyl nukleových kyselin
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 691412
Hlavní řešitel: RNDr. Jakub Klener, Ph.D.
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Annotace grantu
Projekt je zaměřen na problematiku určování sekundárního a terciálního
strukturního uspořádání nukleových kyselin (NA) a jejich interakcí. S
ohledem na požadavek měřit v přirozeném vodném prostředí, je pro tento
účel velmi vhodná Ramanova spektroskopie, umožňující získávání
základních informací o struktuře, strukturních změnách NA a jejich
komplexaci s dalšími molekulami. Nevýhodou standardní Ramanovy
spektroskopie používající excitační záření z viditelné oblasti spektra
je nutnost poměrně vysoké koncentrace NA a problémy s častou kontaminací
vzorků cizorodými nízkomolekulárními látkami. Tyto problémy principiálně
překonává rezonanční Ramanův rozptyl (RRS), který používá excitační
záření v oblasti dlouhovlnného absorpčního pásu nukleových kyselin. S
ohledem na podstatně vyšší náročnost na technické zařízení, justaci
spektrometru i použití postupů zamezujících vzniku artefaktů způsobených
fotopoškozením NA, je však tato technika používána pro studium NA zatím
poměrně vzácně.
Náplní projektu bude vedle stavby UV rezonančního Ramanova spektrometru
a vývoje vhodné techniky pro práci s UV fotocitlivým vzorkem především
systematické proměření sad modelových struktur nukleových kyselin a
porovnání se standardními vibračními a elektronovými spektry těchto
látek, aby bylo možné nalézt a interpretovat konformační a interakční
RRS markery. Tyto poznatky budou aplikované při navazujícím studiu
vybraných strukturních motivů nukleových kyselin, které se významně
uplatňují při přenosu a expresi genetické informace.