-
Molekulární mechanismy rozpoznání DNA regulačního segmentu transkripčními faktory z rodiny MADS-box
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 402111
Hlavní řešitel: Mgr. Barbora Řezáčová
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.,
Mgr. Pavla Ottová,
RNDr. Václav Profant
Annotace grantu
Projekt je zaměřen na studium fyzikálně-chemických vlastností a tvorby
komplexů transkripčních faktorů rodiny MADS-box a regulačního segmentu
DNA. Cílem projektu je objasnění funkční role MADS-boxu při specifickém
rozpoznávání DNA segmentu obsahujícího CArG-box (CC (A/T)6GG).
Geometrie spolu s dynamikou modelových oligomerů, proteinu a jejich
komplexu budou charakterizovány pomocí spektroskopických metod,
především Ramanovy a UV absorpční spektroskopie, stacionární i časově
rozlišené fluorescenční spektroskopie včetně metod stopped flow a
dohasínání anizotropie fluorescence. K doplnění termodynamických
charakteristik budou využita mikrokalorimetrická měření (DSC).
V prvním roce řešení bude zjištěn vliv vnějších podmínek, zejména pH,
teploty a přítomnosti vybraných kationtů na stabilitu konformace
modelových oligonukleotidů, proteinů a komplexů protein-oligonukleotid a
charakterizovány projevy vzniku komplexu MADS-boxu s cílovým DNA
segmentem na jeho spektrum Ramanova rozptylu, fluorescenční emisní
spektrum a jeho anizotropii.
Další etapy řešení projektu budou věnované studiu dynamiky DNA segmentu,
modelových proteinů a jejich komplexů pomocí dohasínání anizotropie
fluorescence vnitřního fluoroforu (Tyr) i fluorescenčních značek a/nebo
sond.
-
TAR a DIS segmenty HIV-1 RNA: strukturní stabilita vlásenek a jejich komplexů s potenciálními aptamery
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 50910
Hlavní řešitel: Mgr. Pavla Ottová
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.,
Mgr. Barbora Řezáčová
Annotace grantu
Tento projekt je zaměřen na experimentální studium strukturní stability
význačných vlásenek HIV–1. Pomocí analýzy teplotních závislostí spekter
Ramanova rozptylu a výsledků doplňkových měření UV absorpce a
mikrokalorimetrických měření bude popsán stabilizující vliv hořečnatých
iontů na strukturu a flexibilitu vlásenky TAR, její aptamer R06 a jejich
„kissing“ komplex. Tím budou vyjasněny fyzikálně-chemické podmínky pro
úspěšnou inhibici regulační funkce TAR vlásenky pomocí aptamerové
strategie. Dalším úkolem projektu, který bude řešen v následujících
letech, je charakterizace teplotní závislosti struktury DIS vlásenky a
jejích potencionálních aptamerů a srovnání tvorby a stability „kissing“
komplexů mezi dvojicí DIS vlásenek a mezi DIS vlásenkou a jejím
aptamerem. Rovněž bude v rámci projektu objasněná i úloha hořečnatých
iontů při stabilizaci struktury vlásenky DIS a jejích komplexů.
-
Strukturní a fyzikální vlastnosti komplexů RNA vlásenek s chemicky modifikovanými aptamery
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 147507
Hlavní řešitel: Mgr. Jan Vachoušek
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.,
Mgr. Pavla Ottová,
Mgr. Barbora Řezáčová
Annotace grantu
Studium vlastností RNA vlásenek má velký význam zvláště pro antivirové
terapie, neboť RNA vlásenky plní důležité funkce v replikačním cyklu
především retrovirů, včetně viru HIV. Mezi nejvíce studované RNA
vlásenky v současnosti patří vlásenky TAR a DIS vyskytující se v HIV
virové RNA. Funkci těchto RNA vlásenek lze úspěšně blokovat pomocí
chemicky modifikovaných antisense aptamerů, které ukazují, že mají
potenciál otevřít další cestu vedoucí k potlačení epidemie HIV v
budoucnosti. Pro úspěšný návrh účinných antisense aptamerů je však
nezbytné znát strukturu a vlastnosti nejenom jich samotných, ale také
jejich RNA cílových protějšků. Tento problém bude řešen pomocí Ramanovy
spektroskopie, UV spektroskopie a dalších doplňkových metod.
-
Spektroskopická a molekulárně–dynamická charakterizace mechanismu interakce Ribonukleázy H s hybridním DNA/RNA duplexem.
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 257688
Hlavní řešitel: RNDr. Martin Kříž, Ph.D.
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.,
Mgr. Pavla Ottová,
Mgr. Barbora Řezáčová
Annotace grantu
Projekt je zaměřen na studium fyzikálně-chemických vlastností komplexů
proteinů a nukleových kyselin. Ke studiu těchto komplexů budou použity
spektroskopické metody, zejména Ramanova spektroskopie a
mikrospektroskopie, a dále molekulárně-dynamické simulace. Jako modelový
protein byl vybrán enzym Ribonukleáza H, který specificky interaguje s
hybridním duplexem DNA/RNA a selektivně degraduje RNA vlákno. Cílem
projektu je ujasnění vlivu chemické struktury páteře neštěpeného řetězce
(přirozená DNA versus modifikace) a bázových sekvencí, případně i role
vícevalentních iontů při vazbě enzymu na substrát a v průběhu štěpení
RNA řetězce.