Ukončené granty:

  • Molekulární mechanismy rozpoznání DNA regulačního segmentu transkripčními faktory z rodiny MADS-box

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 402111
    Hlavní řešitel: Mgr. Barbora Řezáčová
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Mgr. Pavla Ottová, RNDr. Václav Profant

    Annotace grantu
    Projekt je zaměřen na studium fyzikálně-chemických vlastností a tvorby komplexů transkripčních faktorů rodiny MADS-box a regulačního segmentu DNA. Cílem projektu je objasnění funkční role MADS-boxu při specifickém rozpoznávání DNA segmentu obsahujícího CArG-box (CC (A/T)6GG). Geometrie spolu s dynamikou modelových oligomerů, proteinu a jejich komplexu budou charakterizovány pomocí spektroskopických metod, především Ramanovy a UV absorpční spektroskopie, stacionární i časově rozlišené fluorescenční spektroskopie včetně metod stopped flow a dohasínání anizotropie fluorescence. K doplnění termodynamických charakteristik budou využita mikrokalorimetrická měření (DSC). V prvním roce řešení bude zjištěn vliv vnějších podmínek, zejména pH, teploty a přítomnosti vybraných kationtů na stabilitu konformace modelových oligonukleotidů, proteinů a komplexů protein-oligonukleotid a charakterizovány projevy vzniku komplexu MADS-boxu s cílovým DNA segmentem na jeho spektrum Ramanova rozptylu, fluorescenční emisní spektrum a jeho anizotropii. Další etapy řešení projektu budou věnované studiu dynamiky DNA segmentu, modelových proteinů a jejich komplexů pomocí dohasínání anizotropie fluorescence vnitřního fluoroforu (Tyr) i fluorescenčních značek a/nebo sond.

  • TAR a DIS segmenty HIV-1 RNA: strukturní stabilita vlásenek a jejich komplexů s potenciálními aptamery

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 50910
    Hlavní řešitel: Mgr. Pavla Ottová
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Mgr. Barbora Řezáčová

    Annotace grantu
    Tento projekt je zaměřen na experimentální studium strukturní stability význačných vlásenek HIV–1. Pomocí analýzy teplotních závislostí spekter Ramanova rozptylu a výsledků doplňkových měření UV absorpce a mikrokalorimetrických měření bude popsán stabilizující vliv hořečnatých iontů na strukturu a flexibilitu vlásenky TAR, její aptamer R06 a jejich „kissing“ komplex. Tím budou vyjasněny fyzikálně-chemické podmínky pro úspěšnou inhibici regulační funkce TAR vlásenky pomocí aptamerové strategie. Dalším úkolem projektu, který bude řešen v následujících letech, je charakterizace teplotní závislosti struktury DIS vlásenky a jejích potencionálních aptamerů a srovnání tvorby a stability „kissing“ komplexů mezi dvojicí DIS vlásenek a mezi DIS vlásenkou a jejím aptamerem. Rovněž bude v rámci projektu objasněná i úloha hořečnatých iontů při stabilizaci struktury vlásenky DIS a jejích komplexů.

  • Strukturní a fyzikální vlastnosti komplexů RNA vlásenek s chemicky modifikovanými aptamery

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 147507
    Hlavní řešitel: Mgr. Jan Vachoušek
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Mgr. Pavla Ottová, Mgr. Barbora Řezáčová

    Annotace grantu
    Studium vlastností RNA vlásenek má velký význam zvláště pro antivirové terapie, neboť RNA vlásenky plní důležité funkce v replikačním cyklu především retrovirů, včetně viru HIV. Mezi nejvíce studované RNA vlásenky v současnosti patří vlásenky TAR a DIS vyskytující se v HIV virové RNA. Funkci těchto RNA vlásenek lze úspěšně blokovat pomocí chemicky modifikovaných antisense aptamerů, které ukazují, že mají potenciál otevřít další cestu vedoucí k potlačení epidemie HIV v budoucnosti. Pro úspěšný návrh účinných antisense aptamerů je však nezbytné znát strukturu a vlastnosti nejenom jich samotných, ale také jejich RNA cílových protějšků. Tento problém bude řešen pomocí Ramanovy spektroskopie, UV spektroskopie a dalších doplňkových metod.

  • Spektroskopická a molekulárně–dynamická charakterizace mechanismu interakce Ribonukleázy H s hybridním DNA/RNA duplexem.

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 257688
    Hlavní řešitel: RNDr. Martin Kříž, Ph.D.
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Mgr. Pavla Ottová, Mgr. Barbora Řezáčová

    Annotace grantu
    Projekt je zaměřen na studium fyzikálně-chemických vlastností komplexů proteinů a nukleových kyselin. Ke studiu těchto komplexů budou použity spektroskopické metody, zejména Ramanova spektroskopie a mikrospektroskopie, a dále molekulárně-dynamické simulace. Jako modelový protein byl vybrán enzym Ribonukleáza H, který specificky interaguje s hybridním duplexem DNA/RNA a selektivně degraduje RNA vlákno. Cílem projektu je ujasnění vlivu chemické struktury páteře neštěpeného řetězce (přirozená DNA versus modifikace) a bázových sekvencí, případně i role vícevalentních iontů při vazbě enzymu na substrát a v průběhu štěpení RNA řetězce.