Molekulárně–dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
Autor: Mgr. Vlastimil ZímaVedoucí práce: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.
Konzultanti:
Typ: Bakalářská
Abstrakt: Bakalářská práce shrnuje základní poznatky o nukleových kyselinách a buněčných procesech, kterých se účastní. V návaznosti na to jsou popsány odlišnosti v uchovávání a expresi genetické informace u virů (HCV, HIV a SARS). Následně jsou popsány použité metody počítačové fyziky - molekulární dynamika a homologní modelování. Nakonec jsou demonstrovány výsledky aplikace těchto metod: molekulárně-dynamické simulace jednoduchého systému složeného z atomů argonu, sestavení a ověření stability homologního modelu RNA dependentní RNA polymerasy SARS koronaviru a komplexu RNA dependentní RNA polymerasy viru Hepatitidy C se substrátem.
Klíčová slova: molekulární dynamika, homologní modelování, nukleové kyseliny, HCV, SARS