-
Molekulární mechanismy rozpoznání DNA regulačního segmentu transkripčními faktory z rodiny MADS-box
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 402111
Hlavní řešitel: Mgr. Barbora Řezáčová
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.,
Mgr. Pavla Ottová,
RNDr. Václav Profant
Annotace grantu
Projekt je zaměřen na studium fyzikálně-chemických vlastností a tvorby
komplexů transkripčních faktorů rodiny MADS-box a regulačního segmentu
DNA. Cílem projektu je objasnění funkční role MADS-boxu při specifickém
rozpoznávání DNA segmentu obsahujícího CArG-box (CC (A/T)6GG).
Geometrie spolu s dynamikou modelových oligomerů, proteinu a jejich
komplexu budou charakterizovány pomocí spektroskopických metod,
především Ramanovy a UV absorpční spektroskopie, stacionární i časově
rozlišené fluorescenční spektroskopie včetně metod stopped flow a
dohasínání anizotropie fluorescence. K doplnění termodynamických
charakteristik budou využita mikrokalorimetrická měření (DSC).
V prvním roce řešení bude zjištěn vliv vnějších podmínek, zejména pH,
teploty a přítomnosti vybraných kationtů na stabilitu konformace
modelových oligonukleotidů, proteinů a komplexů protein-oligonukleotid a
charakterizovány projevy vzniku komplexu MADS-boxu s cílovým DNA
segmentem na jeho spektrum Ramanova rozptylu, fluorescenční emisní
spektrum a jeho anizotropii.
Další etapy řešení projektu budou věnované studiu dynamiky DNA segmentu,
modelových proteinů a jejich komplexů pomocí dohasínání anizotropie
fluorescence vnitřního fluoroforu (Tyr) i fluorescenčních značek a/nebo
sond.
-
Použití Ramanovy optické aktivity pro studium dynamického chování peptidů
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 126310
Hlavní řešitel: Jana Hudecová (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
Spoluřešitelé:
Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.,
RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.),
RNDr. Václav Profant,
Mgr. Ivan Ivani ()
Annotace grantu
Projekt je zaměřen na rozšíření moderní spektroskopické metody
využívající optickou aktivitu Ramanova rozptylu tak, aby bylo možné
získat nové informace o struktuře i dynamice studovaných systémů.
Geometrii a konformační chování molekul lze odvodit z experimentálních
spekter pomocí
pokročilých simulačních technik vyvíjených ve spolupráci MFF UK a ÚOCHB
AV ČR. V práci využijeme kombinované kvantové a klasické interpretační
metody vhodné pro flexibilní peptidové struktury. Simulace takových
systémů jsou obtížné, ale důležité pro aplikaci Ramanovy techniky v
biochemii. Chceme se soustředit zejména na spektra modelových peptidů s
omezenou konformační flexibilitou a v další fázi systematicky prozkoumat
chování prionových fragmentů, studovaných v souvislosti s
neurodegenerativními chorobami, které budou k dispozici díky spolupráci
se syntetickou laboratoří na ÚOCHB AV ČR.
-
Studium nanočástic v molekulových paprscích
Grantová agentura: GAUK
Identifikační číslo grantu: 257852
Hlavní řešitel: RNDr. Václav Profant
Spoluřešitelé:
Doc. RNDr. Juraj Dian, CSc. (),
Mgr. Michal Fárník, Dr. (),
Ing. Viktoriya Poterya, Dr. ()
Annotace grantu
Projekt je soustředěn na přípravu volných neutrálních nanočástic s
cílenými rozměry a složením a na jejich experimentální studium na
molekulární úrovni. V první polovině roku 2007 budou studovány klastry
pyrrolu vázané vodíkovými můstky - modelový systém pro studium fotolýzy
vodíkových můstků mezi bazemi DNA. Další částí bude studium procesů
atmosférického významu, jako např. fotolýza a hydrolýza halogenvodíků a
dalších molekul na nanočásticích vody, které přispívají k tvorbě ozonové
díry - tato část bude zahájena ve druhé polovině roku 2007. Rovněž bude
studována fotolýza molekul typu HX (např. acetylen HCCH) na xenonových
klastrech, při níž vznikají molekuly vzácných plynů typu H-Xe-X, jejichž
následné studium přispívá k rozšíření chápání pojmu chemické vazby.