Ukončené granty:

  • Molekulární mechanismy rozpoznání DNA regulačního segmentu transkripčními faktory z rodiny MADS-box

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 402111
    Hlavní řešitel: Mgr. Barbora Řezáčová
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Mgr. Pavla Ottová, RNDr. Václav Profant

    Annotace grantu
    Projekt je zaměřen na studium fyzikálně-chemických vlastností a tvorby komplexů transkripčních faktorů rodiny MADS-box a regulačního segmentu DNA. Cílem projektu je objasnění funkční role MADS-boxu při specifickém rozpoznávání DNA segmentu obsahujícího CArG-box (CC (A/T)6GG). Geometrie spolu s dynamikou modelových oligomerů, proteinu a jejich komplexu budou charakterizovány pomocí spektroskopických metod, především Ramanovy a UV absorpční spektroskopie, stacionární i časově rozlišené fluorescenční spektroskopie včetně metod stopped flow a dohasínání anizotropie fluorescence. K doplnění termodynamických charakteristik budou využita mikrokalorimetrická měření (DSC). V prvním roce řešení bude zjištěn vliv vnějších podmínek, zejména pH, teploty a přítomnosti vybraných kationtů na stabilitu konformace modelových oligonukleotidů, proteinů a komplexů protein-oligonukleotid a charakterizovány projevy vzniku komplexu MADS-boxu s cílovým DNA segmentem na jeho spektrum Ramanova rozptylu, fluorescenční emisní spektrum a jeho anizotropii. Další etapy řešení projektu budou věnované studiu dynamiky DNA segmentu, modelových proteinů a jejich komplexů pomocí dohasínání anizotropie fluorescence vnitřního fluoroforu (Tyr) i fluorescenčních značek a/nebo sond.

  • Použití Ramanovy optické aktivity pro studium dynamického chování peptidů

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 126310
    Hlavní řešitel: Jana Hudecová (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.)
    Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc., RNDr. Petr Bouř, DSc. (Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.), RNDr. Václav Profant, Mgr. Ivan Ivani ()

    Annotace grantu
    Projekt je zaměřen na rozšíření moderní spektroskopické metody využívající optickou aktivitu Ramanova rozptylu tak, aby bylo možné získat nové informace o struktuře i dynamice studovaných systémů. Geometrii a konformační chování molekul lze odvodit z experimentálních spekter pomocí pokročilých simulačních technik vyvíjených ve spolupráci MFF UK a ÚOCHB AV ČR. V práci využijeme kombinované kvantové a klasické interpretační metody vhodné pro flexibilní peptidové struktury. Simulace takových systémů jsou obtížné, ale důležité pro aplikaci Ramanovy techniky v biochemii. Chceme se soustředit zejména na spektra modelových peptidů s omezenou konformační flexibilitou a v další fázi systematicky prozkoumat chování prionových fragmentů, studovaných v souvislosti s neurodegenerativními chorobami, které budou k dispozici díky spolupráci se syntetickou laboratoří na ÚOCHB AV ČR.

  • Studium nanočástic v molekulových paprscích

    Grantová agentura: GAUK
    Identifikační číslo grantu: 257852
    Hlavní řešitel: RNDr. Václav Profant
    Spoluřešitelé: Doc. RNDr. Juraj Dian, CSc. (), Mgr. Michal Fárník, Dr. (), Ing. Viktoriya Poterya, Dr. ()

    Annotace grantu
    Projekt je soustředěn na přípravu volných neutrálních nanočástic s cílenými rozměry a složením a na jejich experimentální studium na molekulární úrovni. V první polovině roku 2007 budou studovány klastry pyrrolu vázané vodíkovými můstky - modelový systém pro studium fotolýzy vodíkových můstků mezi bazemi DNA. Další částí bude studium procesů atmosférického významu, jako např. fotolýza a hydrolýza halogenvodíků a dalších molekul na nanočásticích vody, které přispívají k tvorbě ozonové díry - tato část bude zahájena ve druhé polovině roku 2007. Rovněž bude studována fotolýza molekul typu HX (např. acetylen HCCH) na xenonových klastrech, při níž vznikají molekuly vzácných plynů typu H-Xe-X, jejichž následné studium přispívá k rozšíření chápání pojmu chemické vazby.