Práce obhájené v roce 2004:

Dizertační

• RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.: Structural and Physico–Chemical Properties of Nucleotide and Other Bioactive Compounds in Interaction with Proteins
  Vedoucí: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

Magisterská

• Mgr. Ladislav Fekete: Materiály pro sluneční články založené na tenkých vrstvách křemíku
  Vedoucí: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

• RNDr. Martin Kříž, Ph.D.: Studium hybridizačních vlastností modifikovaných oligonukleotidů s potenciální terapeutickou aplikací, pomocí spektroskopických metod
  Vedoucí: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Vít Marek: Studium molekulárních komplexů nukleosidů, nukleotidů a krátkých oligonukleotidů s kationickými metaloporfyriny
  Vedoucí: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

• Mgr. Kamil Maláč: Počítačové modelování struktury potenciálních chemoterapeutik a jejich komplexů s nukleovými kyselinami
  Vedoucí: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.