Defended bachelor theses:

2022

• David Novák: Drop coating deposition Raman microspectroscopy (DCDR) of carbohydrates
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

• Martina Valášková: Analysis of vibrational spectra of selected environmental contaminants
  Advisor: RNDr. Václav Profant, Ph.D.

2019

• Bc. Štěpán Jílek: Vibrational optical activity of 3-aminoquinuclidine
  Advisor: RNDr. Václav Profant, Ph.D.

• Bc. Radek Novotný: Micro-luminescence and micro-Raman scattering study of InGaN/GaN multiple quantum wells
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Bc. Shirin Sayedová: Comparison of sensitivity of drop coating deposition Raman spectroscopy and surface enhanced Raman spectroscopy for study of biologically important molecules
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Radek Bura: Influence of the surface hydrophobicity and charge of the molecule for drop coating deposition Raman spectroscopy
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Mikuláš Přikryl: Drop coating deposition Raman spectroscopy of selected contaminants
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Bc. Anežka Vacková: Thermodynamics of complex formation by miRNA
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

2018

• Katarína Križanová: Dynamic light scattering in the world of biomolecules
  Advisor: RNDr. Kateřina Hofbauerová, PhD.

• Martin Vančura: Atomic force microscopy in the region of biomacromolecules
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

2016

• Matyáš Suja: Polyfosfáty v jednobuněčných řasách: sledování jejich hromadění a vnitrobuněční lokalizace pomocí Ramanovy mikroskopie
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

2015

• Radim Cajzl: Molekulárně-dynamické simulace muskarinového receptoru
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Bc. Lenka Vaculčiaková: Interaction of liposomes with porphyrins studied by drop coating deposition Raman spectroscopy
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

2013

• Bc. David Španěl: Molekulárně-dynamické simulace membránových proteinů
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2012

• Ján Naništa: Molecular dynamics simulations of biomolecules
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Bc. Adam Tesař: Spectroscopic study of interaction of antimicrobial peptides with model membranes
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

• Mgr. Ivana Víšová: Improved determination of DNA duplex stability by using UV spectroscopy
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Martin Šubr: HDO Raman spectrum
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Bc. Andrej Antalík: Drop coating deposition Raman spectroscopy of liposomes with different compositions
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

2011

• Pavel Souček: Study of nucleic acids by means of drop coating deposition Raman microspectroscopy (DCDR)
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

• Josef Melcr: Molecular dynamics simulations of biomolecular complexes consisting of proteins and nucleic acids
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Mgr. Kateřina Mudroňová: Stanovení účinku látek významných pro medicínu a potravinářství na kvasinky Saccharomyces cerevisiae pomocí biologických metod a fluorescenční sondy diS-C3(3)
  Advisor: D Gášková

• Bc. Adéla Vodáková: Study of liposomes by using of drop coating deposition Raman spectroscopy
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

2010

• Mgr. Vlastimil Peksa, Ph.D.: Construction and Testing of Microfluidic Device for Raman Microscopy
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

2009

• Jindřich Soukup: Molekulárně-dynamické simulace proteinových struktur
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• RNDr. Jakub Klener, Ph.D.: Functional study of prokaryotic homologs of Nramp transport proteins
  Advisor: R Chaloupka

2008

• Daniel Šmít: Molekulárně–dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Mgr. Martina Říhová: Microcalorimetric determination of thermodynamic stability of RNA triplex
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Bc. Naďa Rosová: Drop coating deposition Raman Spectroscopy (DCDR) of body fluids
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

2007

• Mgr. Markéta Kubáňová: Raman optical activity of small organic molecules
  Advisor: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

• Mgr. Jana Hrudíková: Monitoring of enantiomeric excess by means of Raman optical activity
  Advisor: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

• Mgr. Pavla Pečínková (roz. Ottová): Microkalorimetric determination of energy changes at DNA duplex formation
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Tomáš Pazderka: Raman optical activity of carbohydrates
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

• Mgr. Pavlína Peikertová: Study of liposome stability
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Mgr. Barbora Profantová (roz. Řezáčová), Ph.D.: Optimizing the method of oligonucleotide concentration determination by UV absorption spectroscopy
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Petra Šimáková: Adsorption-desorption properties of porphyrins on metal nanosurfaces
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

• Mgr. Vlastimil Zíma: Molecular dynamics simulations of complexes consisting of proteins and nucleic acids
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2006

• Hana Šípová: Studium biomolekul pomocí SERS spektroskopie na pevných kovových nanosubstrátech
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

• Mgr. Jakub Dostál: Molekulárně–dynamické simulace analog nukleových kyselin.
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.