Defended master theses:

2022

• Mikuláš Přikryl: New approaches in drop coating deposition Raman spectroscopy for sensitive molecular detection
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Bc. Pavol Šimko: Computational Modeling of Membrane Proteins
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2021

• Bc. Štěpán Jílek: Vibrational optical activity of nucleotides and shorter nucleic acid segments
  Advisor: RNDr. Václav Profant, Ph.D.

• Bc. Radek Bura: Study of isotopically labeled substances in living cells by means of Raman microscopy
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

2020

• Bc. Monika Spasovová: Vibrational spectroscopy of pharmacologically important molecules: Study of L-DOPA and its deuterated derivatives
  Advisor: RNDr. Václav Profant, Ph.D.

• Bc. Martin Vančura: Characterisation of polyproline I secondary structure by means of vibrational and chiroptical spectroscopy methods and quantum mechanical simulations
  Advisor: RNDr. Václav Profant, Ph.D.

2019

• Mgr. Alžbeta Kuižová: Drop coating deposition Raman spectroscopy of biologically important molecules
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

2018

• Bc. Radim Homolka: miRNA complexes with the target RNA sequence
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

2015

• Bc. Adam Tesař: Raman spectroscopy as a diagnostic method of Alzheimer disease
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

• Bc. Ivana Víšová: Characterization of proteins of 2'-5' oligoadenylate pathway by means of vibrational spectroscopy
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

2014

• Bc. Martin Šubr: SERS spectroscopy of biomolecules for biosenzing
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

2013

• Josef Melcr: QM/MM výpočty a klasické molekulárně-dynamické simulace biomolekul
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Mgr. Kateřina Mudroňová: Srovnání vybraných karbocyaninových fluorescenčních sond z hlediska jejich použitelnosti při měření změn membránového potenciálu kvasinek
  Advisor: J Plášek

• Mgr. Šárka Gregorová: Ramanova mikrospektroskopie a mapování jednotlivých buněk
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

2012

• Mgr. Vlastimil Peksa, Ph.D.: Raman Microspectroscopy in Microfluidic Devices
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

2011

• RNDr. Jakub Klener, Ph.D.: Diagnostics of neurodegenerative diseases by means of Raman spectroscopy
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

2010

• Mgr. Pavlína Peikertová: Study of angular and time characteristics of suspensions by using of elastic light scattering
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Mgr. David Zoul: Vibrational modes of nucleic acids components characterized by means of variable proton-deuterium exchange
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Martina Říhová: Geometry and stability study of nucleic acids distinctive single-strand
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Ivan Ivani: Modern computational techniques for simulations of molecular spectra
  Advisor: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

2009

• Mgr. Markéta Kubáňová: Raman optical activity and conformation of structurally important groups in peptides and proteins
  Advisor: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

• Mgr. Pavla Pečínková (roz. Ottová): Thermodynamic Stability of Hybrid Nucleic Acid Complexes: Microcalorimetric Study
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Bc. Tomáš Pazderka: Protein dynamics studied by means of optical spectroscopy
  Advisor: RNDr. Vladimír Kopecký Jr., PhD.

• Mgr. Jana Hrudíková: Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku
  Advisor: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

• Mgr. Barbora Profantová (roz. Řezáčová), Ph.D.: Structural flexibility of regulatory DNA element
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Petra Šimáková: Study of biomolecules by surface-enhanced Raman microspectroscopy
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

• Mgr. Vlastimil Zíma: Molecular dynamics simulations of complexes consisting of proteins and nucleic acids
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Tomas Bartek: detail Molekulárně-dynamické simulace komplexů nukleových kyselin enzymu RNase H
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2008

• Mgr. Jiří Hammer: Molekulárně–dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

• Mgr. Barbora Pitňa Lásková, Ph.D.: Complexes of Cationic Porphyrins with Nucleic Acids Studied by Surface Enhanced Resonance Raman Spectroscopy
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

• Mgr. Jana Nováková: Study of oligonucleotide penetration through liposomal membrane
  Advisor: RNDr. Eva Kočišová, PhD.

• Mgr. Hana Šípová, Ph.D.: Study of biomolecules using SERS spectroscopy on solid metal nanosubstrates
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

2007

• Mgr. Diana Pavlová: Molekulárně–dynamické simulace analog nukleových kyselin
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2006

• Mgr. Radek Macháň, Ph.D.: Komplexní charakterizace buněčných suspenzí pomocí elastického rozptylu světla
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Tomáš Špringer: Surface-enhanced photophysical processes of organic molecules in metal nanoparticles
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

• RNDr. Michaela Blažíková, Ph.D.: Kationické porfyriny jako transportní agens pro antisense oligonukleotidy
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

• Mgr. Peter Molnár: Preparation and testing of attached silver nanoparticles for purpose of SERS spectroscopy of biomolecules
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

• Mgr. Saralamba Sompomb: Molekulárně–dynamické simulace komplexů HIV reverzní transkriptázy a jejích potenciálních inhibitorů
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2005

• Mgr. Natália Hajduková: Metal particles attached to silanized glass plates and their application as SERS-active substrates in study of biomolecules
  Advisor: Prof. RNDr. Marek Procházka, Dr.

• Mgr. Jan Palacký, Ph.D.: Spektroskopické studium vlastností nových modifikovaných oligonukleotidů – potenciálních chemoterapeutik
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

2004

• Mgr. Ladislav Fekete: Materiály pro sluneční články založené na tenkých vrstvách křemíku
  Advisor: Prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc.

• RNDr. Martin Kříž, Ph.D.: Hybridization Properties of Modified Nucleotides with Potential Chemotherapeutic Use Studied by Spectroscopic Methods
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Vít Marek: Study of molecular complexes of nucleoside, nucleotide and short oligonucleotide with cationic metaloporphyrines
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

• Mgr. Kamil Maláč: Počítačové modelování struktury potenciálních chemoterapeutik a jejich komplexů s nukleovými kyselinami
  Advisor: RNDr. Ivan Barvík Jr., PhD.

2002

• RNDr. Hana Lísalová (roz. Vaisocherová), Ph.D.: Určování termodynamických charakteristik komplexů nukleových kyselin na základě analýzy teplotních závislostí UV absorpčních spekter
  Advisor: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

• Mgr. Jiří Lísal, Ph.D.: Kationické metaloporfyriny jako sekvenční, strukturní a konformační sondy nukleových kyselin
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

2001

• Mgr. Lubomír Dostál, Ph.D.: Studium strukturních a fyzikálně-chemických vlastností vybraných acyklických analogů nukleotidů
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.

1997

• Mgr. Alexandr Černý: Termochromizmus kationických porfyrinů: studium vzájemné spojitosti mezi protonačním stavem a termálně indukovanými konformačními přechody
  Advisor: Doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.